Die reaktionären Elemente der Oberschicht in Tibet, die trotz der langen geduldigen Erziehung und Bemühungen der Zentralregierung jedoch keine Anzeichen der Einsicht zeigten, befahlen in der Nacht des 19. März 1959 rebellischen Kräften, einen groß angelegten Angriff gegen die VBA-Truppen und Institutionen der lokalen Regierung in Lhasa auszuführen.  Im heftigen Feuergefecht hielten die VBA- Truppen dennoch daran fest, durch Lautsprecher die Rebellen zu warnen und aufzufordern, von der Rebellion abzulassen. Dies blieb jedoch erfolglos. Am 20. März um 10.00 Uhr morgens, sechs Stunden nach dem Beginn der Rebellion, waren die VBA-Truppen, deren Geduld erschöpft war, gezwungen, einen Gegenangriff zu machen. Zu jener Zeit konnten nur etwa 1000 VBA-Soldaten in Lhasa mobilisiert werden, zu kämpfen, während die Zahl der Rebellen mit Hilfe ausländischer Kräfte etwa 7000 betrug. Trotzdem kämpften die heldenhaften VBA-Offiziere und -Soldaten zwei Tage lang und schlugen 5360 bewaffnete Rebellen, die sich in Lhasa versammelt hatten, in die Flucht. Die Tatsachen bewiesen, dass diese Rebellen lediglich ein undisziplinierter Mob waren, der stark schien, aber in Wirklichkeit schwach war, und keine effektiven Angriffe gegen die VBA-Truppen organisieren konnte.

Am 28. März erteilte Ministerpräsident Zhou Enlai einen Befehl des Staatsrats, der den VBA-Militärbezirk Tibet beauftragte, den Aufruhr zu unterdrücken, die alte Lokalregierung Tibets aufzulösen und das Vorbereitungskomitee für die Gründung des Autonomen Gebiets Tibet seine Funktionen und Macht ausüben zu lassen.

Im Anschluss an die Schlacht in Lhasa starteten die VBA-Truppen im April Kampagnen in Shannan, am 2. Juli am Namco-See und zwischen August und September in Midika. Zwischen April und August belagerten und schlugen sie auch Rebellen im Gebiet nordöstlich von Qamdo und im Yanjing-Gebiet südlich von Qamdo nieder und entsandten zwischen August und November bewaffnete Kräfte, um Rebellen im Gebiet südöstlich von Qamdo zu unterdrücken.
Im Jahr 1960 führten die VBA-Truppen nacheinander Kampagnen gegen bewaffnete rebellische Kräfte durch, die Gebiete zwischen Nganda, Dengqen, Jiali und Zhamog, Gebiete östlich des Abschnitts Wenquan - Nagqu der Qinghai-Tibet-Landstraße, Gebiete der Nord-und Südseite des Tanggula-Gebirges nördlich von Baqen, Gebiete zwi¬schen Xainza, Saga und Tingri, Gebiete zwischen dem Südufer des Maquan-Flusses, nördlich der China-Nepal-Grenze, westlich von Legze und dem Nordufer des Kunggyu Co-Sees und die Gebiete Mangkam und Sa'ngain besetzt hielten. Ende 1960 hatten sie in ganz Tibet die Aktivitaten der bewaffneten Rebellen im wesentlichen unter- drückt.

Im Jahr 1961 spürten die VBA-Truppen noch einmal Überreste der bewaffneten rebellischen Kräfte in Südostqamdo, im Gebiet, wo Nyingchi, Lhasa und Nagqu aneinander grenzen, und andernorts auf und verhafteten diese. Einige Rebellenführer und kleine bewaffnete Gruppen, die den VBA-Truppen zwei Jahren zuvor durch die Finger geschlüpft waren, wurden überwältigt bzw. ergaben sich den VBA-Truppen.
Im März 1962 ging die Rebellion in Tibet zu Ende. Dies war den vernünftigen politischen Maßnahmen des Zentralkomitees der KPCh zu verdanken.

Am 21. März 1959 erteilte die Hauptabteilung für Politik der VBA Chinas die Anweisungen über die politische Arbeit für die resolute Befriedung der Rebellion in Tibet, in denen es hieß, dass militärische Aktionen, politische Überzeugung zur Gewinnung von Oppositionellen und die Mobilisierung der Massen miteinander eng verbunden und die Rebellen auf unterschiedliche Weise behandelt werden sollten. Im Mai arbeitete das Arbeitskomitee Tibets einen Beschluss über einige politische Probleme in der gegenwärtigen Arbeit für die Unterdrückung der Rebellion aus, der von der Zentralregierung genehmigt wurde. Der Beschluss definierte die Prinzipien der Behandlung der Rebellen deutlich: In Übereinstimmung mit den Richtlinien der Verbindung von strenger Unterdrückung mit großer Milde, und dass die Hauptverbrecher um jeden Preis bestraft werden müssen, sollte man diejenigen, die gezwungenermaßen mitgemacht hatten, ungeschoren davon kommen lassen, während diejenigen, die sich Verdienste erworben hatten, belohnt werden sollten. Die VBA-Truppen sollten strikt zwischen vier Arten von Personen unterscheiden, nämlich: Rebellenanführer, Hauptmitglieder, feste Unterstützer und gewöhnliche Mitglieder. Diejenigen, die zwar an der Rebellion teilgenommen hatten, jedoch auf die VBA-Seite überwechseln wollten, würden nicht getötet, eingesperrt und auch nicht in anderen Formen bestraft werden.